Universitas Azzahra semula berada di bawah naungan Yayasan Azzahra yang diketuai oleh Ir. Fadel Muhammad berdasarkan Akta Notaris H.A Kadir Usman No. 147 dibentuk pada tanggal 22 Agustus 1994. Kemudian nama Yayasan Azzahra berubah nama menjadi Yayasan Lentera Azzahra yang diketuai Doktor Sechan Shahab berdasarkan Akta Notaris Hadijah S.H. No. 46, tanggal 29 April 2008. Terakhir, pengurus yayasan Lentera Azzahra diketuai oleh A. St. Mardiwana Syamsu berdasarkan Akta Notaris Hadijah S. H. No. 26, tanggal 25 (dua puluh lima) April 2014 yang memperoleh pengesahan dari Kementerian Hukum dan HAM no. AHU-AH.01.06-10033, tanggal 30 Juli 2015.

Universitas Azzahra resmi dibentuk melalui penggabungan Universitas Islam Syekh Yusuf dengan Akademi Keuangan dan Perbankan Internasional berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 48/D/O/1997, tanggal 22 Agustus 1997 dengan Prof. Dr. H. Baharuddin Lopa, S.H. sebagai Rektor pertama Universitas Azzahra.

Dalam perkembangannya, nama Universitas Azzahra berubah menjadi Universitas Islam Azzahra seperti yang tersebut didalam Keputusan Direktur Jenderal Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI No, 54/DIKTI/Kep./1998, tanggal 25 Mei 1998 dan digunakan sampai dengan tahun 2012 awal. Akan tetapi, dalam perkembangan selanjutnya, nama Universitas Islam Azzahra diputuskan untuk dikembalikan ke nama semula, yaitu Universitas Azzahra, berdasarkan rapat Senat Universitas Islam Azzahra pada tanggal 16 Oktober 2012.

Kemudian dikukuhkan kembali melalui Rapat Senat Universitas Azzahra pada tanggal 15 April 2014 dan mendapat persetujuan dari Pengurus Yayasan Lentera Azzahra. Atas dasar inilah, maka terhitung mulai tahun 2012 akhir, nama Universitas Islam Azzahra yang pada saat itu digunakan, dikembalikan ke nama semula menjadi Universitas Azzahra (yang mengelola Universitas Azzahra) atas dasar Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 48/D/O/1997, tanggal 22 Agustus 1997 tersebut.

Selanjutnya, berdasarkan amanat Pembukaan UUD 1945, yaitu mencerdaskan kehidupan bangsa, Universitas Azzahra mengemban visi ‘menghasilkan sumberdaya insani berkualitas’. Hal ini berarti bahwa potensi insani yang meliputi jasmani dan rohani (fisikal, intelektual, emosional, sosial, dan spiritual) dikembangkan secara holistik, sehingga dalam pelaksanaannya Universitas Azzahra mengemban amanat UNESCO dengan empat pilarnya, yaitu learning to know, learning to be, learning to do, dan learning to live together.

Penciptaan suasana akademik yang kondusif menjadi perhatian utama Universitas Azzahra, sehingga kegiatan Tridarma Perguruan Tinggi dapat berjalan sebagaimana mestinya. Untuk itu, Universitas Azzahra menggalakkan kegiatan Tridarma Perguruan Tinggi berdasarkan nilai-nilai humanisme yang bersifat universal, yaitu Pancasila dan UUD Dasar 1945.